基因改造食品近來已引起各界很多的爭論，前陣子英國還發生綠色和平組織阻止載有基因作物的輪船入港事件，關於基因改造作物及食品在環保、安全性等方面仍存在有不少之爭議及疑慮，茲列舉如下:
● 英國生物學家奧帕-布茲泰博士 (Dr. Arpad Pusztai) 指出吃了基因改造馬鈴薯的老鼠，會有發育受阻以及免疫系統受抑制等現象；英國查爾斯王子並公開質疑基因改造食品對生態體系的潛在危險性。
● 美國愛荷華大學研究基因改造玉米對生物的影響，發現玉米田附近的植物會沾上基因改造的花粉，而帝王蝴蝶 (Monarch butterfly) 的幼蟲食用了這些植物後，死亡機率提高7倍；另美國聯邦官員於2000年11月28日表示，有44名民眾宣稱因食用「星聯 (Starlink) 玉米」(為增加病蟲害抵抗力所改造基因之玉米品種) 而出現過敏等症狀。
● 德國Jena大學的Hans-Hinrich Kaatz教授日前發表一篇研究報告稱，用來改良作物的外來基因可能流出宿主 (被移植基因之生物體) 之外，而跑到其它的細菌上面，並且讓細菌突變，這種突變對於人體雖不會有影響，但長期對於環境生態可能產生不良影響。
全球基因改造食品之發展概況
● 歐洲地區
歐盟規定，自1998年9月1日起，所有基因改造食品皆需負嚴格之標示責任，基因改造食品輸入歐盟需經嚴格之管制及許可。而在歐盟內著名之二十幾家食品公司，亦皆表態不歡迎以基因改造作物成為其加工原料，由於歐盟成員國家環保意識強烈，所以目前基因改造食品相關產業受到很大的限制與規範。
● 美國
美國目前是基因改造作物之最大輸出國，相較於歐盟各國，美國對於基因作物及食品之管理較不嚴格，目前並未要求業者針對基因產品進行人體過敏與毒性試驗，只要食品外觀與天然成份屬性未變，就不必特別聲明。美國白宮曾對媒體表達基因改造作物基本上是安全的態度。
● 亞洲
相對於歐盟，亞洲各國除日本外，並無像基因改造農作物輸出最大量之美國有談判的本錢，該地區基因改造作物產品大多傾向不標示，然而在世界潮流趨勢下，亦已陸續有反對聲音出現。而同樣自美國輸入大宗穀物的日本，已於1999年8月起對基因農作物產品進行嚴格管制及標示查驗，民間許多食品公司如日清、麒麟啤酒等亦紛紛加入拒絕使用基因農作物做為其食品原料，目前日本對基因改造食品之容許量約為5%。
● 台灣
台灣經貿長期仰賴美方，抗壓能力較小，目前基因改造食品並未標示，惟近期來在民間環保團體及媒體激烈討論下，政府機關亦感受強烈壓力，據衛生署官員於11月底在立法院中指出，基因改造食品容許量初步決定 (尚待與業者及環保團體溝通) 將採與鄰近日本國家相同之5％。在標示方面，採自願式標示，將在明年初實施，而正面強制標示，則依其加工複雜性，其實施之緩衝期將縮短至2到4年，其中農產品原料 （如：黃豆粉、碎玉米粒等) 緩衝期為2年，加工層級低者 (如豆漿、豆花、豆腐等) 為3年，多成分加工者則為4年。
